蒼嵐寺

故事建構於一位人偶師傅想創造出最完美的人偶，但是他所雕刻出的七位薔薇少女人偶都無法令他滿意，實際上七位人偶各具特色，人偶師傅於是告訴這些人偶，進行「愛莉斯遊戰」(應該說遊戲，可我覺得說遊戲不夠刺激)。

愛莉斯遊戰(Alice game)，人偶彼此間互相戰鬥，獲勝的一方可以獲得敗者的「薔薇聖母」，也就是人偶的生命來源之一，薔薇聖母可以增進人偶的戰鬥能力，並具備敗方所擁有的技能，而敗者因喪失薔薇聖母，也就因此永遠沉睡。

但發生遊戰的關鍵，在於人偶們必須存在同一時代，並由人類喚醒，為了取得力量，人偶與人類訂契約，然後從人類取得能量來源。

女主角真紅，是薔薇少女第五人偶(玫瑰花瓣是其戰鬥方式)，與男主角純開始一段現實與夢境的追逐戰。在第一部中，純的內心很陰暗，因為現實生活讓他感到挫折，真紅企圖心頗強，想要讓純擺脫過去(也讓自己能獲得更多能量吧？)，一面對抗對立的其他人偶，尤其是水銀燈(薔薇少女第一人偶，黑羽箭為主要戰鬥技能)。最後純擺脫過去，水銀燈也被打敗。

第二部，殺死水銀燈的畫面在真紅夢境不停重演，真紅開始思考戰鬥真正的意義，同時也遇到更強的敵人，自稱為誰也沒有見過的第七人偶薔薇水晶，強大的力量讓其他人偶大感吃驚，最後在激烈的遊戰中，真紅因為心軟被薔薇水晶殺死，但薔薇水晶又不是真正的第七人偶，儘管奪取了所有人偶的聖母魂，自身卻慘遭破裂。

真紅思考的過程，又何嘗不是人類思考的進化史？單純的人偶一開始以為戰鬥就是要打到勝負出現，因為有特殊的經驗，真紅漸漸感到肢體上的戰鬥並不是真正的戰鬥，真正完美的愛莉斯少女並不是由戰鬥產生。

正義、卑劣、天真、自大、自卑……薔薇少女擁有大多數人也會有的喜怒哀樂，卻終究想通了，而身為創造她們(也許在未來)的人類，卻始終沒有想通。